O Centro de Tratamento Biológico é a unidade industrial que faz a recuperação da fração orgânica dos resíduos para a produção de corretivo orgânico a partir quer da matéria orgânica recuperada dos resíduos sólidos urbanos no Centro de Pré-Tratamento Mecânico, quer de resíduos orgânicos provenientes da recolha seletiva (porta a porta e grandes produtores).
Resulta daqui ainda a produção de material estruturante a partir de resíduos de biomassa florestal e a recuperação de biogás, para a produção de energia elétrica através do grupo moto gerador já existente no Ecoparque de São Miguel, a qual será injetada na rede de serviço público.
Esta tem uma capacidade nominal de tratamento de 12.000 toneladas por ano de material orgânico, sendo que no primeiro ano estima-se que 8.000 toneladas sejam recuperadas do Centro de Tratamento Mecânico e 4.000 toneladas de resíduos orgânicos sejam provenientes da recolha seletiva.
