É na Estação de Tratamento de Águas Lixiviantes que se processam as águas que resultam da decomposição dos resíduos depositados em aterro sanitário juntamente com as águas pluviais do Ecoparque da Ilha de São Miguel.
Estas águas são recolhidas por um sistema de drenagem para umas lagoas artificiais. Desde abril de 2016 estas são tratadas por via de um sistema de osmose inversa que permite a sua desmineralização, tornando estas águas adequadas para novas utilidades como a lavagem de equipamentos e viaturas, limpeza das instalações e sistema de segurança de combate contra incêndios.
O sistema de osmose inversa foi construído e adaptado especificamente para as necessidades do tratamento de lixiviado e efluentes da MUSAMI, de forma a ser possível a sua expansão para fazer frente ao expectável aumento do caudal. O novo equipamento tem uma capacidade de tratamento de lixiviados de 130m3/dia.
Entre dezembro 2001 e março de 2016, as águas lixiviantes passavam por um tratamento biológico, sendo posteriormente canalizadas para a ETAR de Ponta Delgada a partir da qual eram lançadas em meio hídrico.
